Bonsai drvo može se uzgojiti na više načina:
• Iz semena;
• Iz margote ili zakorenice;
• Preoblikovanjem lončanice iz rasadnika;
• Vađenjem pogodnog primerka iz prirode.
Svaki od ovih načina uzgoja bonsai drveta je specifičan, a odgajivač sam bira način koji mu najviše odgovara.
Najviše vremena svakako je potrebno za gajenje iz semena. Prvi rezultati rada vide se tek nakon desetak godina. Sađenje bonsai drveta iz semena vrši se na jesen, a nakon nekog vremena biljka se presađuje.
Druga mogućnost jeste margotiranje, odnosno ožiljavanje dela grane, koje se onda odvaja od stabla i dalje uzgaja kao zasebna biljka.